Mission 1On entre d'entrée de jeu lorsque le Pillar of Autumn fui (par un saut dans le sous-espace) la planète Reach attaquée par les Covies.
Le vecteur de sortie est totalement aléatoire. A la sortie, le Capitaine Jacob Keyes et Cortana découvre une structure ayant la forme d'un anneau. les Covenants nomment cette structure "Halo", ils la considèrent comme une Sainte Relique.
Mais des vaisseaux Covenants étaient déjà autour de Halo et un vaisseau décida d'aborder le vaisseau Humain pour éviter d'endommager la structure.
Le Capitaine Keyes, pour préparer ses défenses, donne l'ordre de réveiller l'Adjudant Spartan John-117.
Cette opération nécessite deux techniciens. Le réveil se fait pendant l'abordage. Le premier technicien vérifie les stats de l'armure et du soldat par ordinateurs pendant que le second assite 117 dans les tests nécessaires à la vérification de l'armure. Mais des Elites arrivent jusqu'à la salle de Cryo-2 et tuent le premier techniciens. Le second panique mais parvient a garder son sang-froid. Il reçoit l'ordre d'accompagner MC jusqu'à la passerelle de commandement. Mais pendant le trajet, il meurt suite à l'explosion d'une porte automatique et MC continue donc tout seul.
Une fois à la passerelle, Keyes le briefe et lui donne une arme, un M6D. Il doit aussi protéger Cortana. Il récupère ensuite un MA5B et traverse les couloirs du vaisseau en tuant tous les ennemis qu'il rencontre. Il arrive à une nacelle de survie et abandonne le navire.
De son côté, le Capitaine et son équipe tente de poser le Pillar sur Halo grâce a une copie de Cortana. Avant l'atterissage éffectué par Cortana, il quitte le navire avec 3 Marines chargés de protéger la nacelle de survie. Mais un Ossoona (cf:
voir l'article Elites de Sleep) les piste et Keyes le tua dans la nacelle.
Pendant l'abordage du vaisseau, un élite gravement blessé mais sauvé par un Grunt du nom de Yayap se souviendra de sa confrontation avec Master Chief et voudra faire qu'une chose, le tuer de ses propres mains
Cet élite s'appelle Zuka 'Zamamee.
Mission 2La nacelle du spartan se crashe sur Halo, laissant pour seule survivant MC, dans les vappes pendant quelques instant. Cortana l'alerte que des vaisseaux de larguage Covies approchent.
Il récupère des munitions et s'enfuit de la nacelle. Il traverse un pont mais deux Banshees en patroille lui tombe dessus. Il arrive à en détruire un et le second s'enfuit. Il reçoit ensuite des appels d'urgence de Marines dans une structure non loin de là. Il se dirige vers elle et tue une escouade de Covenant. En arrivant, il se fait briefer par le Sergent Johnson
.
Cortana demande de l'aide à un pélican, Echo-419 Foehammer. On doit repousser les vagues de covenants avant l'évacuation de Foahammer. Elle (Capitainer Carol Rawley) livre un Warthog et un artilleur. Il décide de partir en reconnaissance et de repérer d'éventuelle survivants et le Capitaine. On arrive dans une grande galerie et on tue encore des Covenants (ce qui se lassent lève la main). La galerie débouche sur plusieurs vallées. MC secoure ainsi plusieurs escouades de Marines.
Des TCAO sous le commandement du Commandant Silva capturèrent une butte sous le contrôle des Covenants. ils érigèrent une Base protégée baptisée la Base Alpha. Foehammer Larguera les Marines secourus à cette même base.
Pendant ce temps, le Capitaine Keyes et son équipe sont obligés de fuir à travers les vallées de Halo, pourchassés par les Covies. L'équipe de commandement se fera capturée mais seule Keyes survivra, car les Covies tueront le reste de l'équipe.
De son côté, 'Zamamee se retrouve devant un conseil pour aborder le sujet de " l'humain à l'armure spéciale".
Mission 3Les Humains ont appris que le Capitaine était retenu prisonnier dans le Truth and Reconciliation. Alors Echo 419 nous pose a proximité de l'ascenseur gravitationnel et ont fait le chemin restant avec pieds, sniper et MA5B. Autrement dit, on destroy a fond ^^.
Sauf qu'arrivé en bas de l'ascenseur, ça se complique, dû au quelque tourelles, chasseurs et renforts (presque) incessants. Une fois l'endroit sécurisé, Foehammer renforce nos rangs en déposant de nouveaux marines. On monte ensuite l'ascenseur et on termine le travail dans les couloirs du vaisseau. On sauve Keyes et on rentre à la base Alpha avec un transporteur de troupes Covenant piloté )par le Capitaine.
'Zamamee voit sa demande acceptée lorsque le conseil se rend compte des dégats causés par MC.